Thanh tra tỉnh là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực, thực hiện nhiệm vụ thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa; thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo quy định của pháp luật.

Thanh tra tỉnh có tư cách pháp nhân, có con dầu và tài khoản riêng, chịu sự chỉ đạo, điều hành của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và chịu sự chỉ đạo về công tác thanh tra, hướng dẫn nghiệp vụ của Thanh tra Chính phủ.